1 марта 1962 года Великобритания предоставила Уганде самоуправление, а 9 октября 1962 года — полную независимость. Уганда была провозглашена унитарным государством, но при этом 4 королевства (Буганда, Буньоро, Торо, Анколе) и территория Бусогаполучили автономный статус.

Правительство Уганды возглавил Оботе, Милтон, лидер партии Народный конгресс Уганды. С 1963 года он занял также посты министров обороны и иностранных дел. Король Уганды Мутеса II был назначен президентом Уганды.

Сразу после получения независимости в Уганде возникли проблемы — межэтнические столкновения, мятежи в армии, массовый отъезд европейцев. Оботе ввёл государственное планирование экономики, расширял государственный и кооперативный секторы.

В начале 1966 года Оботе отстранил от власти президента-короля Мутесу, арестовал нескольких министров и назначил себя президентом Уганды. 8 сентября 1967 года Оботе провозгласил Уганду республикой, упразднил все королевства и власть племенных вождей. В экономическом секторе Оботе провёл национализацию, а в сельском хозяйстве создал «коллективные хозяйства». Для проведения этих реформ Оботе создал в 1968 году военизированную «Национальную службу молодёжи».

В декабре 1969 года на конференции правящей партии НКУ была оглашена «Хартия простого человека» — программа строительства коммунизма в Уганде. В августе 1970 года официально, решением партии Народный конгресс Уганды, был установлен однопартийный режим.

25 января 1971 года, когда Оботе находился в зарубежной поездке, армия Уганды совершила переворот. Военные распустили парламент, разогнали местные советы в районах страны. Главой государства стал 45-летний генерал-майор Иди Амин Дада из племени каква(англ.) — профессиональный военный, с 1946 года служивший в колониальных войсках британской армии и участвовавший в подавлении восстания мау-мау в Кении.

В августе 1972 года Амин объявил курс на «угандизацию». Сначала была реквизирована собственность выходцев из Азии, а затем и собственность европейцев. Жившие в Уганде лица индийского и пакистанского происхождения, не имевшие местного гражданства (60 тыс. человек), были изгнаны из Уганды.

Амин произвёл переориентацию внешней политикиУганды. В 1972 году Амин разорвал дипломатические отношения с Израилем. Амин начал дружить с арабскими государствами, а также с СССР, от которых стал получать значительную финансовую помощь. В 1973 году Амин демонстративно отправил группу угандийских офицеров участвовать в очередной войне Египта и Сирии против Израиля. В 1976 году Амин разорвал дипломатические отношения с Великобританией.

В 1972 году начались вооружённые столкновения на угандийско-танзанийской границе. Амин выдвинул территориальные претензии к Танзании и Кении.

В это же время (в 1972—1975 годах) была втрое увеличена численность армии, было закуплено большое количество оружия (у СССР). Из-за возросших государственных расходов Амин заморозил заработную плату в госсекторе, урезал финансирование социальных программ и медицины. Недовольство населения становилось массовым. Амин развернул широкие репрессии. Среди физически уничтоженных были и армейские офицеры, и даже министры.

В 1975 году Амин присвоил себе звание фельдмаршала, а в 1976 объявил себя пожизненным президентом.

В октябре 1978 войска Амина вторглись в Танзанию. Однако танзанийская армия, вооружённая китайским оружием, изгнала захватчиков и перенесла боевые действия на территорию Уганды. В марте 1979 оппозиционные Амину группировки создали Фронт национального освобождения Уганды. Вооружённые отряды Фронта стали действовать совместно с танзанийской армией. Войска Амина были разбиты, в апреле 1979 года танзанийские войска заняли столицу Уганды, а Фронт создал временное правительство.

В Уганде развернулась борьба за власть, за год сменились два президента — Ю. Луле и Г. Бинайса. В мае 1980 власть взяла военная хунта Фронта. Она разрешила деятельность в стране партий, профсоюзов, общественных организаций.

В декабре 1980 года прошли выборы в парламент. Победу одержала партия Оботе, и он вновь стал президентом Уганды. Вскоре в Уганде обострились межэтнические противоречия, начались антиправительственные выступления, организованные различными группировками. Так называемая Народная армия сопротивления во главе с Мусевениразвернула партизанскую войну на западе страны.

В июле 1985 года был совершён военный переворот, к власти пришла военная хунта во главе с генералом Базилио Олара-Окелло. Был распущен парламент, действие конституции приостановлено.

В январе 1986 военную хунту свергла Народная армия сопротивления. Мусевени объявил себя президентом страны.

• 1986 — Движение Святого Духа Элис Лаквены.
• 1987 — разгром Движения Святого Духа. Образование Господней армии сопротивления.
• конец 1980-х — начало гражданской войны.
• 1998 — бомбёжки суданской авиации в связи с вовлечённостью Уганды во Вторую конголезскую войну.
• 2002 — мир с Суданом.
• февраль 2006 — уличные столкновения оппозиции (сторонники полковника Киззы Бесидже из Форума за демократические перемены) с силами правопорядка. Президент Мусевени обвинил оппозицию в связях с террористическими группами.
• 18 февраля 2011 — состоялись очередные выборы президента и парламента. Как и ожидалось, Йовери Мусевени снова получил большинство голосов избирателей (68 %)